Mindestens 55 Vogelarten sind in Panama in ihrer Existenz gefährdet, fünf von stehen kurz vor dem Aussterben. Laut der nationalen Umweltbehörde (ANAM) ist menschliches Handeln dafür verantwortlich. Nach Angaben des Biologen Eric Nunez ist die Hauptursache für das Verschwinden dieser Arten der Verlust ihres Lebensraumes durch das Vordringen der Landwirtschaft, Viehzucht, Waldbrände, sowie der illegale Handel mit verschiedenen Vogelarten.
Nunzez gab bekannt, dass der Amazilia de Escudo (Amazilia handley), Paloma de Coiba (Leptotila battyi), Águila Harpía (Harpia harpyja), Gavilán de ciénaga (Busarellus nigricollis) und der Pardela de las Galápagos (Pterodroma phaeopygia) extrem gefährdet sind. Andere Arten von exotischen Vögeln, unter ihnen der Guacamaya Verde (Ara ambigua), Guacamaya Azul und Amarilla (Ara Ararauna), Guacamaya Rojo (Ara Chloroptera), Guacamaya Bandera (Ara Macao) und Guaquita (Ara Severa) werden wegen ihrer bunten Federn verfolgt und sind in ihrer Art gefährdet.
Im mittelamerikanischen Land sind über 940 Vogelarten wissenschaftlich registriert. Die meisten von ihnen leben in den Nationalparks Soberanía, Metropolitano und Chagra, die Flora und Fauna ist durch den Tourismus zunehmend bedroht.
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